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LAMMPS

更新时间:2017-08-31 03:47:58

官网

http://lammps.sandia.gov/

简介

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款经典分子动力学软件。LAMMPS包含的势可用于固体材料(金属、半导体)、软物质(生物大分子,聚合物)、粗粒化或介观尺度模型体系。

算例 1 “3d Lennard-Jones melt”

准备工作

运行以下示例需要在创建集群时选择安装LAMMPS相关软件包。

setup_LAMMPS

同时还需选择所依赖的相关MPI库

setup_mpi

操作步骤

1.运行 module avail,查看是否已安装 LAMMPS 软件。

  1. $ export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/
  2. $ module avail
  3. ------------------------------ /opt/ehpcmodulefiles -------------------------------------
  4. lammps/31Mar17-mpich lammps/31Mar17-openmpi mpich/3.2.2 openmpi/1.10.7

2.运行 module load 加载LAMMPS。

  1. $ module load lammps/31Mar17-mpich
  2. $ module load mpich
  3. $ which lmp
  4. /opt/lammps/31Mar17-mpich/lmp

3.进入算例目录,有以下作业提交方式。

  • 命令行直接提交。
  1. $ srun --mpi=pmi2 -N 2 -n 4 lmp -in in.intel.lj
  2. LAMMPS (31 Mar 2017)
  3. Lattice spacing in x,y,z = 1.6796 1.6796 1.6796
  4. Created orthogonal box = (0 0 0) to (134.368 67.1838 67.1838)
  5. 2 by 1 by 2 MPI processor grid
  6. Created 512000 atoms
  7. ... ...
  • 作业形式提交。
  1. $ cat job.sh # 作业内容
  2. #!/usr/bin/env bash
  3. mpirun lmp -in ./in.intel.lj
  4. $ sbatch -N 2 -n 4 ./job.sh # 提交作业
  5. Submitted batch job 235
  6. $ squeue # 查看作业
  7. JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON)
  8. 235 comp job.sh user R 0:03 2 s[02-03]
  • 分配资源后提交
  1. $ salloc -N 2 mpirun -n 4 lmp -in in.intel.lj
  2. salloc: Granted job allocation 236
  3. salloc: Waiting for resource configuration
  4. salloc: Nodes s[02-03] are ready for job
  5. LAMMPS (31 Mar 2017)
  • 提交PBS作业(GPU加速版)
  1. $ cat > lammps_single_node.pbs
  2. #!/bin/sh
  3. #PBS -l ncpus=28,mem=12gb
  4. #PBS -l walltime=00:10:00
  5. #PBS -o lammps_pbs.log
  6. #PBS -j oe
  7. cd /opt/lammps/31Mar17-openmpi/src
  8. /opt/openmpi/bin/mpirun -np 28 /opt/lammps/31Mar17-openmpi/bin/lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 2 -in ./in.intel.lj -v m 0.1
  9. $ qsub lammps_single_node.pbs
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