最佳实践概览

本文汇总典型场景中基于E-HPC集群完成计算任务的最佳实践。

案例类型

主要内容

使用HPL测试E-HPC浮点性能

HPL(The High-Performance Linpack Benchmark)是测试高性能计算集群系统浮点性能的基准。HPL通过对高性能计算集群采用高斯消元法求解一元N次稠密线性代数方程组的测试,评价高性能计算集群的浮点计算能力。

使用STREAM软件测试E-HPC内存带宽性能

STREAM软件是内存带宽性能测试的基准工具,也是衡量服务器内存性能指标的通用工具。STREAM软件支持复制(Copy)、尺度变换(Scale)、矢量求和(Add)、复合矢量求和(Triad)四种运算方式测试内存带宽的性能。

使用IMB软件和MPI通信库测试E-HPC通信性能

IMB(Intel MPI Benchmarks)用于评估HPC集群在不同消息粒度下节点间点对点、全局通信的效率。MPI(Message Passing Interface)是支持多编程语言的并行计算通信库,具有高性能、大规模性、可移植性、可扩展性等特点。

测试SCC集群性能

超级计算集群SCC(Super Computing Cluster)实例针对E-HPC多机并行计算需求,提供了低延时RDMA(Remote Direct Memory Access)网络互联。SCC实例无虚拟化损耗,同时提供VPC网络隔离能力,您可直接访问硬件资源。

使用LAMMPS软件进行高性能计算

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款经典分子动力学软件。 LAMMPS包含的势函数可用于固体材料(金属、半导体)、软物质(生物大分子,聚合物)、粗粒化或介观尺度模型体系。

使用GROMACS软件进行高性能计算

GROMACS(GROningen MAchine for Chemical Simulations)是一款通用软件,用于对具有数百万颗粒子的系统进行基于牛顿运动方程的分子动力学模拟。GROMACS主要用于生物化学分子,如蛋白质、脂质等具有多种复杂键合相互作用的核酸分析。

使用OpenFOAM软件进行流体力学仿真计算计算

OpenFOAM(Open Source Field Operation and Manipulation)是对连续介质力学问题进行数值计算的软件。可进行数据预处理、后处理和自定义求解器,常用于计算流体力学领域。

使用WRF软件进行气象模拟计算

WRF(Weather Research and Forecasting)采用新一代中尺度天气预报模式,是气象行业广泛应用的开源气象模拟软件。它为研究大气过程提供了大量选项,并可以在多种计算平台运行。

使用TensorFlow软件进行高性能计算

TensorFlow是一个为深度神经网络开发的功能强大的开源软件库,被广泛应用于机器学习算法的编程实现。

创建以CPFS为共享存储的E-HPC集群

CPFS(Cloud Paralleled File System)是一种高性能并行文件存储系统,专为AI训练和E-HPC等高性能计算场景打造,最大支持数十GB/s吞吐能力。以CPFS为共享存储的E-HPC集群适合动画渲染、生命科学、气象预报、能源勘探等需要超高吞吐的应用场景。

自动伸缩最佳实践

当您需要每天不定时提交作业,使用E-HPC集群几个小时进行大规模计算, 然后释放节点。您可以针对不同的作业类型,配置不同的伸缩策略。

使用BWA、GATK、Samtools软件进行基因测序

在进行基因测序时,您可以使用BWA构建索引及比对记录,再使用Samtools对比对记录进行排序,然后使用GATK去除重复序列、重新校正碱基质量值、变异检查。