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更新时间:2019-03-21 11:53:51

若您尚未拥有E-HPC集群,请先创建E-HPC集群

弹性高性能计算E-HPC的管理控制台提供了整个集群生命周期的软件管理功能,支持多款主流HPC软件、通信库的一键查询、安装与卸载。

软件管理界面

进入E-HPC管理控制台,点击左侧栏的集群标签,进入集群管控界面进入软件管理

在集群的应用信息概要栏中,点击软件管理右侧的查看按钮,进入如下界面:已安装软件

可安装软件

图中界面主要包括两部分:可安装软件已安装软件

可安装软件

可安装软件界面展示了当前E-HPC已经集成的软件列表,包括主流科学计算应用、编译器运行时库、MPI通信库等等。用户只需要勾选想要安装的软件,然后点击安装按钮,就可以实现多款软件的一键安装部署。搜索框支持软件的查询功能。

另:软件包的安装部署还可以在集群创建过程中的软件配置阶段进行勾选。软件配置阶段

已安装软件

已安装软件界面展示了该集群目前已经安装的软件列表。用户只需要勾选想要卸载的软件,然后点击卸载按钮,就可以实现多款软件的一键卸载。搜索框支持软件的查询功能。

E-HPC软件栈

HPC BenchMark

名称 版本 简介 需要勾选的依赖包
LINPACK 2018 浮点性能评测工具 Intel-MPI 2018
STREAM 2018 访存带宽评测工具 N/A
Intel-MPI-Benchmarks 2019 MPI通信效率评测工具 Intel-MPI 2018
OSU-Micro-Benchmarks 5.4.4 MPI通信效率评测工具 Intel-MPI 2018
Iperf 2.0.12 网络带宽评测工具 N/A
FIO 3.1 磁盘读写效率评测工具 N/A

运行时库

MPI通信库 GPU加速库 Intel高性能库
Intel-MPI
OpenMPI
MPICH
MVAPICH
CUDA-Toolkit
cuDNN
Intel-ICC-RUNTIME
Intel-IFORT-RUNTIME
Intel-MKL
Intel-DAAL
Intel-IPP
Intel-TBB

软件列表

名称 版本 简介 需要勾选的依赖包
ABySS 2.1.5 基于短序列的基因组双端组装工具,支持多节点并行 Intel-MPI 2018
Anaconda 2018.12-py27
2018.12-py37
Python环境管理工具,E-HPC同时支持Python2.7和Python3.7版本 N/A
BLAST 2.8.1 在生物信息数据库中进行相似性比较的分析工具 N/A
DeepChem 2.0.0 面向药物设计的深度学习Python库 N/A
GAMESS-GPU 2018.2 从头计算量子化学软件,GPU加速版本 CUDA-Toolkit 9.0
GROMACS 5.0.7 分子动力学模拟软件,单机版 N/A
GROMACS-OpenMPI 5.0.7 分子动力学模拟软件,多节点并行版 OpenMPI 1.10.7
GROMACS-CPU-AVX512 2018.3 分子动力学模拟软件,多节点并行版,支持AVX512指令集 Intel-MPI 2018
Intel-MKL 2018
Intel-ICC-RUNTIME 2018
GROMACS-GPU 2018.1 分子动力学模拟软件,多节点GPU加速版本 OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
HELYX-OS 2.4.0 流体力学前处理软件,支持可视化 N/A
HMMER 3.2.1 基于隐马尔可夫模型,用于生物序列比对分析的软件 N/A
LAMMPS-CPU-INTELMPI 12Dec18 分子动力学模拟软件,多节点并行版本 Intel-MPI 2018
LAMMPS-GPU-OpenMPI 12Dec18 分子动力学模拟软件,多节点GPU加速版本 OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
Miniconda py27
py37
精简版conda环境,E-HPC同时支持Python2.7和Python3.7版本 N/A
MOMAP 1.0.1 理论研究、预测分子材料性质的软件包,支持多节点并行 MPICH2
NAMD-OpenMPI 2.12 分子动力学模拟软件,多节点并行版本 OpenMPI 1.10.7
NAMD-GPU-MULTICORE 2.12 分子动力学模拟软件,单节点GPU加速版本 CUDA-Toolkit 9.0
NAMD-GPU 2.12 分子动力学模拟软件,多节点GPU加速版本 OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
OpenFOAM-OpenMPI 5.0 流体力学模拟软件,多节点并行版本 OpenMPI 1.10.7
OVITO 2.9.0 用于原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件 N/A
ParaView 4.3.1 二维、三维数据分析和可视化软件 N/A
Relion-OpenMPI 2.0.3 单颗粒冷冻电镜软件,多节点并行版本 OpenMPI 1.10.7
Relion-GPU 2.0.3 单颗粒冷冻电镜软件,多节点GPU加速版本 OpenMPI 3.0.0
Semtex 8.2 流体力学求解器,支持多节点并行 OpenMPI 1.10.7
TensorFlow 1.7.0-cp27-pypi 基于数据流的开源深度学习框架 N/A
TensorFlow-GPU 1.7.0-cp27-pypi 基于数据流的开源深度学习框架,GPU加速版本 N/A
VMD 1.9.3 分子动力学模拟可视化软件 N/A
WRF-MPICH 3.8.1 用于气象研究和天气预测的大气模型系统,多节点并行版本 MPICH 3.2
WRF-OpenMPI 3.8.1 用于气象研究和天气预测的大气模型系统,多节点并行版本 OpenMPI 1.10.7