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软件概述

E-HPC提供了业界主流的科学计算应用、编译器运行时库、MPI通信库等软件,本文介绍E-HPC支持的软件,以及相关软件的应用场景等。

E-HPC软件栈

本文列出支持自动部署的软件,您也可以通过自定义镜像的方式自行部署其他需要的软件。

  • 软件列表

    名称

    版本

    简介

    需要选中的依赖包

    ABySS

    2.1.5

    基于短序列的基因组双端组装工具,多节点并行版本。

    Intel-MPI 2018

    Anaconda

    • 2018.12-py27

    • 2018.12-py37

    Python环境管理工具。

    BLAST

    2.8.1

    在生物信息数据库中进行相似性比较的分析软件。

    DeepChem

    2.0.0

    面向药物设计的深度学习Python库。

    GAMESS-GPU

    2018.2

    从头计算量子化学软件,GPU加速版本。

    CUDA-Toolkit 9.0

    GROMACS

    5.0.7

    分子动力学模拟软件,单机版本。

    GROMACS-OpenMPI

    5.0.7

    分子动力学模拟软件,多节点并行版本。

    OpenMPI 1.10.7

    GROMACS-CPU-AVX512

    2018.3

    分子动力学模拟软件,多节点并行版,支持AVX512指令集。

    • Intel-MPI 2018

    • Intel-MKL 2018

    • Intel-ICC-RUNTIME 2018

    GROMACS-GPU

    2018.1

    分子动力学模拟软件,多节点GPU加速版本。

    • OpenMPI 3.0.0

    • CUDA-Toolkit 9.0

    HELYX-OS

    2.4.0

    流体力学前处理软件,支持可视化版本。

    HMMER

    3.2.1

    基于隐马尔可夫模型,用于生物序列比对分析的软件。

    LAMMPS-CPU-INTELMPI

    12Dec18

    分子动力学模拟软件,多节点并行版本。

    Intel-MPI 2018

    LAMMPS-GPU-OpenMPI

    12Dec18

    分子动力学模拟软件,多节点GPU加速版本。

    • OpenMPI 3.0.0

    • CUDA-Toolkit 9.0

    Miniconda

    • py27

    • py37

    精简版conda环境。

    MOMAP

    1.0.1

    预测多分子材料性质的软件,多节点并行版本。

    MPICH2

    NAMD-OpenMPI

    2.12

    分子动力学模拟软件,多节点并行版本。

    OpenMPI 1.10.7

    NAMD-GPU-MULTICORE

    2.12

    分子动力学模拟软件,单节点GPU加速版本。

    CUDA-Toolkit 9.0

    NAMD-GPU

    2.12

    分子动力学模拟软件,多节点GPU加速版本。

    • OpenMPI 3.0.0

    • CUDA-Toolkit 9.0

    OpenFOAM-OpenMPI

    5.0

    流体力学模拟软件,多节点并行版本。

    OpenMPI 1.10.7

    OVITO

    2.9.0

    用于原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。

    ParaView

    4.3.1

    二维、三维数据分析和可视化软件。

    Relion-OpenMPI

    2.0.3

    单颗粒冷冻电镜软件,多节点并行版本。

    OpenMPI 1.10.7

    Relion-GPU

    2.0.3

    单颗粒冷冻电镜软件,多节点GPU加速版本。

    OpenMPI 3.0.0

    Semtex

    8.2

    流体力学求解器,多节点并行版本。

    OpenMPI 1.10.7

    TensorFlow

    1.7.0-cp27-pypi

    基于数据流的开源深度学习框架。

    TensorFlow-GPU

    1.7.0-cp27-pypi

    基于数据流的开源深度学习框架,GPU加速版本。

    VMD

    1.9.3

    分子动力学模拟可视化软件。

    WRF-MPICH

    3.8.1

    用于气象研究和天气预测的大气模型系统,多节点并行版本。

    MPICH 3.2

    WRF-OpenMPI

    3.8.1

    用于气象研究和天气预测的大气模型系统,多节点并行版本。

    OpenMPI 1.10.7

  • 性能测试软件

    名称

    版本

    简介

    需要选中的依赖包

    LINPACK

    2018

    浮点性能评测工具。

    Intel-MPI 2018

    STREAM

    2018

    访存带宽评测工具。

    Intel-MPI-Benchmarks

    2019

    MPI通信效率评测工具。

    Intel-MPI 2018

    OSU-Micro-Benchmarks

    5.4.4

    MPI通信效率评测工具。

    Intel-MPI 2018

    Iperf

    2.0.12

    网络带宽评测工具。

    FIO

    3.1

    磁盘读写效率评测工具。

  • 运行时库

    MPI通信库

    GPU加速库

    Intel高性能库

    • Intel-MPI

    • OpenMPI

    • MPICH

    • MVAPICH

    • CUDA-Toolkit

    • cuDNN

    • Intel-ICC-RUNTIME

    • Intel-IFORT-RUNTIME

    • Intel-MKL

    • Intel-DAAL

    • ntel-IPPIntel-TBB