场景描述

本文介绍如何基于批量计算服务提供的WDL- Canu解决方案,进行三代基因组组装的最佳实践。

解决的问题

  • 不更改Canu的使用习惯,基于云基础设施环境在云端进行三代组装。
  • 充分利用云端基础设施弹性、灵活的优势。
  • 以Workflow Description Language(WDL)优化重构Canu工作流。
  • 根据Canu全流程中的不同任务,批量计算启动适配任务需求的弹性伸缩集群大幅提高资源利用率及组装效率。

部署架构图

BCS

选用的产品

  • 弹性公网IP(EIP)

    独立的公网IP资源,可以绑定到阿里云专有网络VPC类型的ECS、NAT网关、私网负载均衡SLB上,并可以动态解绑,实现公网IP和ECS、NAT网关、SLB的解耦,满足灵活管理的要求。

    更多关于弹性公网IP(EIP)的介绍,参见弹性公网IP(EIP)产品详情页

  • 云服务器ECS

    云服务器(Elastic Compute Service,简称ECS)是阿里云提供的性能卓越、稳定可靠、弹性扩展的IaaS(Infrastructure as a Service)级别云计算服务。云服务器ECS免去了您采购IT硬件的前期准备,让您像使用水、电、天然气等公共资源一样便捷、高效地使用服务器,实现计算资源的即开即用和弹性伸缩。阿里云ECS持续提供创新型服务器,解决多种业务需求,助力您的业务发展。

    更多关于云服务器ECS的介绍,参见云服务器ECS产品详情页

  • 专有网络VPC

    专有网络VPC帮助您基于阿里云构建出一个隔离的网络环境,并可以自定义IP 地址范围、网段、路由表和网关等;此外,也可以通过专线/VPN/GRE等连接方式实现云上VPC与传统IDC的互联,构建混合云业务。

    更多关于专有网络VPC的介绍,参见专有网络VPC产品详情页

  • 访问控制

    RAM 使您能够安全地集中管理对阿里云服务和资源的访问。您可以使用 RAM 创建和管理用户和组,并使用各种权限来允许或拒绝他们对云资源的访问。

    更多关于访问控制的介绍,参见访问控制产品详情页

  • 批量计算

    批量计算(BatchCompute)是一种适用于大规模并行批处理作业的分布式云服务。BatchCompute可支持海量作业并发规模,系统自动完成资源管理,作业调度和数据加载,并按实际使用量计费。BatchCompute广泛应用于电影动画渲染、生物数据分析、多媒体转码、金融保险分析、科学计算等领域。

    更多关于批量计算的介绍,参见批量计算产品详情页

  • 文件存储NAS

    阿里云文件存储NAS是一个可共享访问,弹性扩展,高可靠,高性能的分布式文件系统。兼容POSIX 文件接口,可支持数千台计算节点共享访问,可以挂载到弹性计算ECS、神龙裸金属、容器服务ACK、弹性容器ECI、批量计算BCS、高性能计算EHPC,AI训练PAI等计算业务上提供高性能的共享存储,用户无需修改应用程序,即可无缝迁移业务系统上云。

    更多关于文件存储NAS的介绍,参见文件存储NAS产品详情页

  • 对象存储OSS

    阿里云对象存储服务(Object Storage Service,简称 OSS),是阿里云提供的海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务。其数据设计持久性不低于 99.9999999999%(12 个 9),服务设计可用性(或业务连续性)不低于 99.995%。

    更多关于对象存储OSS的介绍,参见对象存储OSS产品详情页

详细信息

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