基本概念

概念

说明

地域 / region

基因分析平台中的数据文件、表格、应用以及运行等资源，都属于阿里云公共云上的某个地域，如华北2（北京）。在用户进行基因计算时，这些资源也必须处于同一个地域内。请查看平台的“使用限制”。

工作空间 / Workspace

用户在特定地域创建的基因分析平台上的一个工作环境，用于管理基因数据，生信应用和运行任务等。通常会是一个项目，如“1000-genomes”。工作空间可以被用作资源管理，权限控制，费用拆分的一个基本单位。

文件 / File

基因数据文件，存储在用户自己的对象存储OSS中。基因分析平台的工作空间可以关联一个用户已有的OSS Bucket，或者由平台代为创建一个全新的OSS Bucket。基因分析平台工作空间中的文件，即OSS对象存储中的文件，所有OSS操作和工具均可使用。

实体 / Entity

基因数据表格，存储在用户的工作空间中，用于表示包含OSS文件信息和元数据信息组成的csv表格文件。如用户可以定义一个sample的实体表格，管理每个sample的名称、编号、文库类型，测序文件、分析结果等数据。平台支持用户浏览、搜索、批量分析这些生物实体数据。

应用 / App

基因分析应用，使用流程描述语言（如Workflow Description Language，WDL）编写的标准的、参数化的生物信息分析流程，清晰定义了分析的输入输出、运行环境和软件依赖等，通常包含多个具有依赖关系的分析步骤。平台提供中心化的公共应用（Global App），是常见分析流程的最佳实践，用户可以安装到工作空间直接使用，或者自己创建/编辑应用（App）

运行 / Run

基因分析平台的运行，是指用户在工作空间中，选择基因分析应用，输入基因数据文件或表格后，提交到平台上的计算分析的操作记录。用户可以通过运行，来查询/停止或恢复已提交的分析请求，并获取分析进度、运行日志、输出结果等信息。

任务 / Task

单个运行通常包含一到多个计算任务，对应分析应用中的不同步骤，由应用定义了计算过程中的环境依赖、资源消耗、运行命令、输入输出等关键运行时信息。

作业 / Job

作业是基因分析平台中的最小计算单元，也是平台计费的基本单位。在用户的运行中，普通计算任务对应一个计算作业，而并行计算任务则会包含多个计算作业。同时计算作业在失败后，可由平台智能重启调度，从而生成新的计算作业。

模板 / Template

用于批量创建运行任务的模板，包含使用的应用和实体表格信息，可以用于分析表格中的数据记录。

投递 / Submission

批量运行任务的投递操作记录，用于查询、停止和恢复该记录下所有的运行任务。

概念

说明

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存储空间 / Bucket

对象存储OSS的存储空间是用户用于存储对象（Object）的容器，所有的对象都必须隶属于某个存储空间。

什么是对象存储OSS

容器镜像地址 / ACR

阿里云容器镜像服务中Docker的镜像地址

镜像地址示例（以容器服务的公共镜像为例）：

registry.cn-hangzhou.aliyuncs.com/acs/agent:0.8

• registry.cn-hangzhou.aliyuncs.com

  是Registry的域名。

• acs

  是您所使用的命名空间的名称。

• agent

  是您所使用的仓库的名称。

• 0.8

  是镜像标签（Tag）。非必须，默认为latest。

什么是容器镜像服务ACR