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基因数据文件

本文介绍基因分析平台中基因数据文件的使用方法,包括上传、下载、删除等操作。

基因分析平台并不直接提供基因数据的存储功能,而是依赖于阿里云对象存储OSS来帮助用户管理自己的基因数据文件。在开通基因分析平台时,由用户授权给基因分析平台访问用户OSS的角色权限,平台的运行任务从用户OSS中获得计算输入,最终计算结果也写回用户的OSS中。

基因分析平台工作空间内数据管理页面,内嵌了OSS功能,帮助用户上传/下载/删除基因数据文件,这些与用户直接在OSS控制台中操作完全等同。

工作空间文件
说明

工作空间中数据管理的文件页面,默认展示的是工作空间绑定的OSS存储桶中的数据文件。用户也可以下拉切换访问该区域内任意有权限的OSS存储桶。

管理工具

用户可以使用所有对象存储OSS的常用工具,来管理基因数据文件,支持网页、图形客户端、命令行工具等多种途径。

上传途径

在上传文件弹窗页面中,平台提供了与该工作空间关联的OSS存储桶名称和所在区域。根据这些信息,用户就可以进行相应的上传、下载、删除操作。

绑定的OSS

本地基因数据上传/下载

用户本地基本数据可以使用上述工具上传到基因分析平台工作空间中,计算分析结果按照同样的方式下载到本地。不同工具的选择建议如下:

  • 网页上传文件单个大小不能超过5G,且需保持打开网页,中断后无法恢复,适用于直接上传小文件。

  • OSSBrowser客户端提供图形操作界面,无大小限制,支持并行上传和中断恢复,适用于用户个人电脑上传基因数据文件,方便简单。

  • OSSUtils命令行工具,无大小限制,支持并行上传和中断恢复,适用于用户本地服务器或者HPC集群上传基因数据文件,并且可以通过编写脚本的方式,实现自动化上传。

  • 离线迁移(闪电立方),单次TB到PB级别的本地数据迁移上云,适用于本地机房带宽较小或无公网,历史大批量数据的搬迁。

说明

基因数据上传到OSS中无需付费,但存储和下载需要收取相应的费用,具体请查看对象存储OSS的计费说明

其他来源数据处理方式

阿里云其他用户账号数据

如果用户的基因数据来源与其他阿里云用户,如测序服务商。可由对方通过阿里云访问控制(RAM)授权你访问,然后基因分析平台即可使用。

其他共有云厂商数据

如果用户的基因数据存储在其他公有云厂商中,可以通过阿里云的在线迁移服务,导入到基因分析平台的工作空间中,即可使用。