平台支持的运行时属性有哪些以及如何设置_基因分析平台-阿里云帮助中心

本文介绍基因分析平台支持的运行时属性，并比较阿里云与其他计算后端的差别。基因分析平台目前使用WDL作为分析应用标准，用户可以通过每个Task中的runtime来定义计算作业所需要消耗的平台资源。

平台支持的运行时属性

默认 1

代表计算作业需要的核数。

范例：

runtime {
  cpu: 2
}

默认 “2G”

代表计算作业需要分配的内存大小

范例：

runtime {
  memory: "4G"
}

可选，忽略task里定义的cpu和memory属性，直接指定特定的阿里云ECS实例类型，作为计算作业执行环境。

范例：

runtime {
  instanceType: "ecs.c6.xlarge"
}

默认 “local-disk 40G cloud_efficiency”

代表计算作业执行环境中挂载的磁盘，用于读写输入输出文件。

disks属性值为逗号分隔的磁盘，每个磁盘用空格分隔的三元组来描述，如“local-disk 10G cloud_efficiency”，分别代表：

范例1

runtime {
  disks: "local-disk 100 cloud_efficiency"
}

范例2

runtime {
  disks: "/mnt/my_mnt 300 cloud_ssd, /mnt/my_mnt2 500 cloud_efficiency"
}

注意：平台兼容社区WDL中的HDD和SSD关键字，HDD对应高效云盘（cloud_efficiency），SSD对应SSD云盘(cloud_ssd)

可选，计算作业使用的docker镜像，只支持阿里云的容器镜像服务

范例：

runtime {
  docker: "registry-vpc.cn-shenzhen.aliyuncs.com/easygene/genomes-in-the-cloud:1.0"
}

可选，计算作业使用的第三方软件，只支持基因分析平台的第三方软件列表。

范例：

runtime {
  software: "sentieon:201911"
}

重要

基因分析平台运行时设置存在限制，请查看使用限制文档。

重要

阿里云基因分析平台计算任务的运行时基本属性与社区标准保持一致，方便应用无缝运行在本地、HPC和云环境中。并且额外提供instanceType扩展支持GPU/FPGA硬件需求，和software支持平台集成的第三方商业软件。