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使用本地IDE开发WDL流程应用

本文介绍了如何使用Visual Studio Code作为本地IDE,并安装WDL插件,来进行WDL流程的开发和测试,再发布到基因分析平台中。

准备本地开发环境

访问Visual Studio Code官网,下载和安装完成后,再按照WDL插件到VSCode中,即可进行WDL流程的开发。

WDL

WDL流程开发测试

在上述环境下开发流程时,IDE提供了WDL语法高亮,语法检查,Task定义和引用跳转等实用功能,帮助用户准确高效的开发WDL流程。同时,支持配置可调用的Cromwell API地址,对开发的流程进行本地调试。

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上传基因分析平台

阿里云基因分析平台兼容本地环境、HPC集群的runtime属性,如cpu、memory、disks以及docker。在本地开发测试通过后,用户无需修改,直接将WDL文件直接复制粘贴到工作空间下新建应用中即可。

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