可以，比如谷歌MultiDex方案，最新的补丁工具打补丁包过程中会把多个dex整合为一个完整的dex, 然后分析前后dex的差异打出补丁包, 所以最后不管apk中有几个dex, 都是能正确打出补丁包.
PS: 正确打出补丁包的前提是apk未加固, 加固后将直接改变apk的dex结构, 会导致补丁工具生成补丁失败