创建作业

前提条件

已在集群中创建用户，具体操作，请参见创建用户。

操作步骤

1. 登录弹性高性能计算控制台。

2. 在顶部菜单栏左上角处，选择地域。

3. 在集群页面，找到gromacs-test集群，单击远程连接。

4. 在远程连接页面，输入gmx.test的用户名、密码和节点端口，单击ssh连接。

5. 下载并解压算例。

   说明

   本算例为模拟大量水分子在给定空间、温度内的运动过程。

   cd /home/gmx.test;
   wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/water_GMX50_bare.tar.gz;
   tar xzvf water_GMX50_bare.tar.gz;
   chown -R gmx.test water-cut1.0_GMX50_bare;
   chgrp -R users water-cut1.0_GMX50_bare

6. 在集群页面，找到gromacs-test集群，单击作业。

7. 在作业页面，单击提交作业。

8. 在提交作业区域，将作业提交模板设置为pbs demo。

9. 完成作业相关配置，单击提交作业。

   说明

   本示例使用名为gmx.test的用户提交作业，在一个包含8 vCPU和1块P100 GPU卡的计算节点compute000上运行。在实际使用场景中您可根据集群配置情况做出适当修改。

   #!/bin/sh
   #PBS -j oe
   #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4
   #PBS -q workq
   
   export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/   #module命令依赖的环境变量
   module load gromacs-gpu/2018.1
   module load openmpi/3.0.0
   module load cuda-toolkit/9.0
   export OMP_NUM_THREADS=1
   
   cd /home/gmx.test/water-cut1.0_GMX50_bare/0096
   /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr   #前处理过程，生成tpr格式输入文件
   
   mpirun -np 4 /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -nsteps 100000 -pin on -s topol_pme.tpr   #-ntomp指定每个进程开启的OpenMP线程数，-nsteps指定模拟迭代步数

执行结果

创建作业完成后，在作业列表页即可查看已提交的作业。

单击该作业操作列的详情。在弹出的作业信息面板页，即可查看作业的详细信息，包括作业名称、作业ID、开始时间、最后更新时间、作业运行信息等。

后续步骤

查看作业结果