解密ADB高效基因检测系统
如 DNA序列转向量 所示的一段12BP的基因序列，在这段基因序列中抽取出5个8-mers，然后将这5个8-mers转换成对应的向量，求和归一化之后，就是这段12BP基因序列的向量。为提升精度，也可以使用doc2vec[6]等学习模对整段基因片段进行转化。...
高效基因序列检索助力快速分析肺炎病毒
基因序列检索技术应用范围和现状 基因序列检索技术主要应用于以下场景：用于肺炎病毒的溯源和分析，找到病毒宿主，做好有效防范。用于分析肺炎病毒的复制和传播过程，为研发治疗药物和疫苗提供帮助。用于检索与肺炎病毒相似的病毒基因序列...
CPFS并行文件存储
基因组测序数据组装 基因序列组装需要海量的并发计算作业，CPFS并行文件存储 提供高达百GB的访问带宽，可以满足成百上千个节点同时访问的需求，破除文件IO访问瓶颈，任务完成时间缩短到原来的50%。石油勘探业务分析 大量地质数据需要计算、...
基因分析应用
以遗传病的数据分析举例，需要进行数据质控、序列比对、变异检测和变异注释等多个步骤。图1：基因数据分析流程（来源/《中华医学遗传学杂志》）我们以工作流（Pipeline or Workflow）来指代这些分析脚本。简单的来说，它可以是一段由用户...
使用BWA、GATK、Samtools软件进行基因测序
背景信息 生命科学领域内基因测序技术的飞速发展，人类发现的基因序列以指数级增长，对于如此数量庞大的基因进行同源性搜寻、比对、变异检查等，往往伴随着巨大的数据处理和并行计算。高性能计算可以提供强大的算力支持，使用多种调度器...
AGS概览
通过分析个体基因序列的突变机制，可为遗传病检测、肿瘤筛查等提供有力支撑，未来将在临床医学和基因诊断方面发挥巨大作用。人类全基因组有约30亿个碱基对，一个30X的WGS测序数据量大约在100 GB。AGS在计算速度、精准度、成本、易用性、与...
应用场景
如基因数据分析中将基因序列对齐，将所有染色体并行做变异分析，最终将各染色体数据聚合产出结果。云工作流 根据指定的依赖关系提交不同CPU、内存、带宽规格的批量计算作业，提升执行可靠性，提高资源利用率，优化成本。数据处理流水线 ...
软件概述
无 HMMER 3.2.1 基于隐马尔可夫模型，用于生物序列比对分析的软件。无 LAMMPS-CPU-INTELMPI 12Dec18 分子动力学模拟软件，多节点并行版本。Intel-MPI 2018 LAMMPS-GPU-OpenMPI 12Dec18 分子动力学模拟软件，多节点GPU加速版本。OpenMPI 3.0...
实践教程概览
在进行基因测序时，您可以使用BWA构建索引及比对记录，再使用Samtools对比对记录进行排序，然后使用GATK去除重复序列、重新校正碱基质量值、变异检查。使用OpenFOAM软件进行流体力学仿真计算 OpenFOAM是对连续介质力学问题进行数值计算的...
应用场景
基因测序 基因测序是一种新型基因检测技术，能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗，目前一个广为人知的用途是针对唐氏综合征的无创产前基因检测。随着基因...
安全警示-网络信息侵权，导致商业纠纷
阿里云根据举报方提供的商标注册证以及官方网站页面，比对侵权网站内容，发现该网站使用了 A 品牌的商标，网站架构也参照了 A 的官网进行设计，与网站 A 高度形似，极易让用户造成混淆，以为*ng.shop 是 A 品牌的官网并下单购买商品。...
基本概念FAQ
增加网站：在您的备案主体下添加一个新网站域名，新增域名与您之前备案成功的域名指向相同或者不同的网站。继续接入备案：您在其他服务商处备案了网站，现使用阿里云 中国内地 节点服务器托管您的网站，要将在其他服务商备案的信息接入阿里...
内容检测API
内容安全的人脸比对，是否支持其他国家的人脸呢？内容安全视频流直播是如何计费的？内容安全直播流检测数据是如何回调的？为什么内容安全直播流检测已停止，但是还有数据在回调？在什么情况下内容安全直播流检测code会返回200？内容安全...
API市场服务私网访问
jumdres.market.alicloudapi.com jumdres.api.market.aliyunnest.com cn-hangzhou https://market.aliyun.com/products/57000002/cmapi00047698.html 身份认证及金融【聚美智数】人脸身份证比对 人脸比对 人脸识别 人脸身份证比对 人脸认证...
合约 API与内置类库
上链后对应字段为：/"data":"026869"/"topics":["676f6f64","6d6f726e696e67"],/data字段会先做序列化,"hi"序列化后,对应"026869"/针对topic字段,"good"对应"676f6f64","morning"对应"6d6f726e696e67"template,typename.Args>inline ...
Databricks Runtime
Regeneron开源库Glow的优化版本，具有所有功能以及：Spark SQL支持读取和写入变量数据 通用工作流程元素的功能 常见查询模式的优化 与Apache Spark并行的Turn-key pipelines：DNA序列 RNA序列 肿瘤正常测序（MutSeq）联合基因分型 ...
实体表达式
基因分析平台通过 基因实体表格 来管理基因数据文件，举例来说，某个生物样本（S001），其拥有多个属性值。FASTQ1单元格里的值，即为该样本存在对象存储OSS的原始序列文件。同时表格之间通过引用关系，来定义生物样本所从属的病人（NO...
基因数据文件
本文介绍基因分析平台中基因数据文件的使用方法，包括上传、下载、删除等操作。基因分析平台并不直接提供基因数据的存储功能，而是依赖于阿里云 对象存储OSS 来帮助用户管理自己的基因数据文件。在开通基因分析平台时，由用户授权给基因...
合并
在TSDB For InfluxDB®中，查询自动将序列合并。示例 数据库 NOAA_water_database 中的measurement的 h2o_feet 是两个序列的一部分。第一个序列由measurement h2o_feet 和tag location=coyote_creek 组成。第二个序列由measurement h2o_...
入门概述
本文介绍开始使用基因分析平台前的准备工作，产品基本功能和使用流程，帮助您快速上手。准备工作 使用基因分析平台产品前，请确保您已经开通了阿里云账号并完成实名认证。相关操作参考如下：阿里云账号注册流程 个人实名认证 企业实名认证 ...
什么是基因分析平台？
阿里云基因分析平台（Genomics Computing Platform）是用户友好的基因分析一站式平台，端到端地提供数据传输、存储管理、生物信息分析等核心能力。平台支持GA4GH社区开放标准，集成丰富的流程工具和公共数据集，帮助用户安全高效、敏捷弹性...
LIMIT及SLIMIT子句
LIMIT 和 SLIMIT 分别限制每个查询返回的数据点个数和序列个数。LIMIT子句 LIMIT返回指定measurement中的前 N 个数据点。语法 SELECT_clause[INTO_clause]FROM_clause[WHERE_clause][GROUP_BY_clause][ORDER_BY_clause]LIMIT语法描述 N ...
工作空间
本文介绍基因分析平台中工作空间的使用方法。基因分析平台中的所有操作，都必须在工作空间内进行。用户可以通过工作空间进行基因数据、分析应用和运行任务的管理，满足数据隔离、权限控制、费用统计等业务需求。创建工作空间 在工作空间...
产品概述
时间序列数据库(Time Series Database,简称 TSDB)是一种高性能、低成本、稳定可靠的在线时间序列数据库服务，提供高效读写、高压缩比存储、时序数据插值及聚合计算等服务，广泛应用于物联网（IoT）设备监控系统、企业能源管理系统（EMS）、...
基本概念
基因分析平台基础概念 基因分析平台的相关基础概念如下表所示：概念 说明 地域/region 基因分析平台中的数据文件、表格、应用以及运行等资源，都属于阿里云公共云上的某个地域，如 华北2（北京）。在用户进行基因计算时，这些资源也必须...
应用场景
基因分析平台广泛用于基因数据从样本到报告的分析过程。典型应用场景包括基因数据分析、测序生产自动化和基因云平台开发等。基因数据分析 为任意规模用户，提供开箱即用的基因分析服务，效率高，成本低，灵活可靠，最快30分钟即可获取海量...
名词解释
背景信息 时间序列数据库 TSDB：英文全称为 Time Series Database，提供高效存取时序数据和统计分析功能的数据管理系统。时序数据（Time Series Data）：基于稳定频率持续产生的一系列指标监测数据。例如，监测某城市的空气质量时，每秒...
产品优势
本文介绍时间序列数据库产品的优势。性能卓越 具有高效的读写能力，相较于开源的 OpenTSDB 和 InfluxDB，读写效率提升了数倍。支持横向扩展，性能可达到百万级别读和千万级别写入的数据点处理能力。存储成本低 基于高效压缩算法有效压缩...
常见问题
本文介绍基因分析平台的版本变更信息，包括发布时间、版本变更内容、核心功能特性等信息。问：是否有用户需要的分析应用能够直接使用？答：基因分析平台通过应用仓库为用户提供开箱即用的公共应用，用户只需安装到工作空间即可使用。这部分...
欠费说明
本文介绍基因分析平台产生欠费之后的服务状态和处理策略。如果您账户的可用额度（含阿里云账户余额、代金券、优惠券等）小于待结算的账单，即被判定为账户欠费。警告 当平台欠费后会影响正在执行的运行任务，系统会提醒或通知您，请及时...
基因实体表格
本文介绍基因分析平台中的实体概念，以及如何通过表格管理基因数据文件和元数据信息。基因实体表格介绍 基因数据除测序文件（如FASTQ，BAM等）外，还需要包括临床、样本、实验等相关元数据信息，这些组合在一起，才能形成生物医学多组学的...
控制台快速开始
本文介绍如何通过产品控制台，在两分钟内快速完成一个基因分析任务，帮助用户熟悉基因平台基本操作。点击应用仓库中的 sentieon/dnaseq 公共应用。点击“安装运行”，选择已创建的工作空间，如默认创建的“default-workspace”，点击安装。...
产品动态
本文介绍基因分析平台的版本变更信息，包括发布时间、版本变更内容、核心功能特性等信息。2021年5月 发布时间 版本变更内容 核心功能特性 2021-05-28 基因分析平台公测发布（北京、深圳地域首发）生信流程开发、版本化管理和计算分析，支持...
OFFSET及SOFFSET子句
OFFSET 和 SOFFSET 分别标记数据点和序列返回的位置。OFFSET子句 OFFSET表示从查询结果中的第 N 个数据点开始返回。语法 SELECT_clause[INTO_clause]FROM_clause[WHERE_clause][GROUP_BY_clause][ORDER_BY_clause]LIMIT_clause OFFSET...
功能介绍
TSDB for Prometheus是阿里云时间序列数据库TSDB为Prometheus提供的一种高性能，低成本，稳定可靠的在线远端存储服务，提供高效读写，高压缩比存储。TSDB for Prometheus可无缝被Prometheus集成，在协议上原生支持Prometheus远端存储对接至...
TSDB开源生态概述
时间序列数据库TSDB以其强大的功能和兼容性，对于当前的一些开源解决方案实现了较好的适配。以下是TSDB与一些开源组件或开源项目对接的方法。Grafana如何对接TSDB Quick BI如何接入TSDB
计费概述
本文介绍基因分析平台的计费模式、计费项、关联的其他云产品费用。概述 基因分析平台是阿里云托管的，完全Serverless化的基因计算服务。无需提前创建和管理任何集群，所有资源完全弹性按需，支持从0到千万的任意样本规模，且只需要为实际...
服务条款
阿里云基因分析平台（Genomics Computing Platform）的服务条款，请参见 阿里云产品服务协议。
HTTP API 概览
几乎所有 TSDB 的特性都可以通过 API 来访问，比如查询时间序列数据、管理元数据和存储数据点。TSDB 的 HTTP API 本质上是 RESTful 的，同时也提供了替代访问策略，因为不是所有 client 都可以遵循严格的 REST 协议。默认数据交换是通过 ...
产品优势
阿里云基因分析平台是由阿里云完全托管，专门服务于基因测序行业的公有云产品。与传统的HPC集相比，无需任何前期投入，完全享有云计算敏捷灵活、按需付费和超大规模的优势。并且产品围绕基因行业的数据和应用特点，开发了众多专业能力，...
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