入门概述
本文介绍E-HPC的使用流程，帮助您快速上手使用弹性高性能计算。下文以创建集群，在集群中安装GROMACS软件并运行水分子算例进行高性能计算为例，介绍弹性高性能计算的使用流程，帮助您快速上手使用弹性高性能计算。使用流程如下图所示。创建...
基本概念
本文汇总使用弹性高性能计算E-HPC过程中涉及的基本概念，方便您查询和了解相关概念。使用弹性高性能计算涉及的相关概念如下表所示。概念 说明 集群 集群指运行高性能计算的节点集合，可以提供单节点不能提供的强大计算能力，拥有高性能、...
服务条款
请参见 弹性高性能计算（E-HPC）服务协议。
使用高性能容器应用
通过高性能容器应用，您可以在E-HPC集群上通过高性能容器应用启动高性能计算作业，从而降低业务部署的复杂性。高性能容器应用在支持E-HPC全部原有能力（如弹性伸缩、性能监控等）的基础上，可为您提供更加高效和便捷的计算解决方案。本文...
自动伸缩最佳实践
本文以使用LAMMPS软件进行高性能计算介绍如何配置自动伸缩策略。背景信息 当您需要每天不定时提交作业，使用E-HPC集群几个小时进行大规模计算，然后释放节点，您可以针对不同的作业类型，配置不同的伸缩策略。配置伸缩策略后，系统可以根据...
查看作业结果
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业与性能管理>作业。单击目标作业列表右侧 详情，可以查看作业详细信息。查看作业性能指标。在左侧导航栏，选择 作业 与性能 管理>E-HPC优化器...
什么是混合云存储
CPFS并行文件存储 高性能计算文件存储，支持标准的POSIX和MPI-IO协议，自带的高性能计算程序无需任何接口适配和性能优化接口即可高效率执行，满足高性能文件存储需求。SDS分布式存储 弹性灵活，适合业务快速发展的私有云和互联网应用场景，...
查看E-HPC操作日志
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 运维与监控>操作日志。在 集群 列表中选择目标集群。根据需要设置查询条件，单击 图标。查询条件说明如下：查询条件 说明 时间范围 快速选择：可...
创建集群
计算节点：用于执行高性能计算作业的节点，其配置决定了E-HPC集群的总体性能。管控节点：用于进行作业调度和域账号管理的节点。登录节点：默认绑定弹性公网IP，您可远程登录该节点，通过命令行操作集群。展开高级配置，配置网络、存储等...
创建混合云集群
您可以利用本地的HPC集群在阿里云扩容计算节点资源，统一调度云上资源和您的本地资源进行高性能计算。本文介绍如何通过E-HPC管理控制台创建混合云集群。前提条件 已创建专有网络VPC和交换机。具体操作，请参见 创建专有网络 和 创建交换机...
创建带有插件的集群
使用控制台创建带有插件的集群 创建不同接入模式集群的操作如下：Image接入模式 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面右上角，单击 创建集群。根据自身业务场景进行设置，在...
登录集群
规则方向 授权策略 端口范围 优先级 授权对象 入方向 允许 SSH（22）1 0.0.0.0/0 通过控制台登录 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到要登录的集群，单击 远程连接。...
使用LAMMPS软件进行工业仿真
vim lammps.pbs 作业脚本内容示例如下：说明 以下示例使用1个计算节点的32 vCPU，使用32个MPI任务进行高性能计算。请根据实际计算节点规格配置vCPU数，算力要求vCPU≥32。bin/sh#PBS-l select=1:ncpus=32:mpiprocs=32#PBS-j oe export ...
服务等级协议
请参见 弹性高性能计算服务等级协议。
产品规格
为更好地匹配E-HPC的高性能计算特点，下文推荐了几种规格，建议您根据应用场景选择使用。关于ECS实例规格的更多信息，请参见 实例规格族 和 选型最佳实践。弹性裸金属服务器和超级计算集群（SCC）实例 如下实例无虚拟化损耗，同时提供VPC...
使用限制
产品功能 单个地域下，弹性高性能计算相关功能限制如下所示。限制项 配额值 提升配额方式 集群总数 3 提交工单。一个集群节点总数 500 提交工单。一次最多扩容的节点数 99 无 一个节点系统盘大小 500 GiB 提交工单。单个文件系统可以挂载...
客户端功能概述
作业操作员 负责提交作业到E-HPC集群进行高性能计算。E-HPC客户端主要面向作业操作员，支持作业提交、作业文件管理等功能。具体功能如下：功能模块 说明 作业查询 支持按多种条件查询作业数据，以便调整作业任务。作业提交 支持通过界面、...
基于RDMA增强型实例部署HPC应用
步骤一：准备HPC集群 使用弹性高性能计算创建HPC集群以及用户。登录 弹性高性能计算控制台。创建HPC集群。在 集群 页面右上角，单击 创建集群。按向导顺序逐步完成硬件、软件、基本配置。本文示例配置如下表所示，完整配置项的说明，请参见...
通过命令行提交作业
通过控制台 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到目标集群，单击 远程连接。在 远程连接 页面，输入集群用户名、登录密码和端口，单击 ssh连接。提交作业 请根据集群...
使用Environment Modules管理软件包
module load：加载模块 module unload：卸载模块 module list：显示已经加载的模块 操作步骤 以下通过Environment Modules软件卸载openmpi/3.0.0，然后加载openmpi/3.0.1版本示例来介绍如何设置modulefile：登录 弹性高性能计算控制台。...
查看和修改集群信息
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到需要查看的集群，单击 详情。在 集群详情 页面，查看集群信息。基本信息：集群标识相关的信息，包括集群ID、状态、地域、VPC ID...
使用BWA、GATK、Samtools软件进行基因测序
高性能计算可以提供强大的算力支持，使用多种调度器提高并发效率，使用GPU进行计算加速等。本文以经典及普及的二代全基因组测序WGS（Whole Genome Sequencing）流程为例，结合二代测序软件GATK，介绍人类全基因组测序的通用流程。在实际...
使用Intel oneAPI编译运行LAMMPS
通过控制台 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，单击 集群。在 集群 页面，找到目标集群，单击 远程连接。在 远程连接 页面，输入集群用户名、登录密码和端口，单击 ssh连接。步骤二：编译LAMMPS ...
停止作业
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业与性能管理>作业。在 作业 页面，在 集群 列表中选择作业所在集群。单击 作业列表 页签，在作业状态栏选择 未完成。单击要停止的作业操作列...
新功能发布记录
2020-09-30 全部 什么是文件存储CPFS 文件存储CPFS 1.0（商用）文件存储CPFS 1.0版本提供高可用、高可靠、高可扩展、高性能的能力，适用各种高性能计算HPC场景。2019-08-09 部分 什么是文件存储CPFS 文件存储CPFS（公测）CPFS并行文件系统...
创建用户
操作步骤 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>用户。在 用户 页面，在集群列表中选择目标集群，单击 新增用户。在 新增用户 页面，根据提示填写用户信息。参数 示例 描述 用户名 gmx...
管理作业模板
登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业 与性能 管理>作业。在 作业 页面，选择待创建作业模板的集群。单击页面左侧的 提交作业 页签。在 提交作业 区域，完成作业参数配置，单击 图标将当前...
在Serverless集群中提交作业
创建Serverless集群后...在 弹性高性能计算控制台 的 作业 页面，选择目标集群后，单击 作业列表 页签。在该页面可以设置状态、时间段等条件查询作业信息。在 弹性容器实例控制台 的 容器组 页面，可以查看自动创建的用于运行作业的ECI实例。
GTX_FPGA 最佳实践
GTX-FPGA 介绍 GTX-FPGA产品是由 未来实验室 GTX-Laboratory 开发的全基因组分析加速工具，采用CPU和FPGA协同工作的异构加速技术，利用各自的特性进行基因数据的高性能计算。可以将30X的全基因组数据分析时间从30小时缩短至30分钟；将100X...
应用场景
gn6i实例可以结合云桌面产品提供云端图形工作站服务，应用于影视动画设计、工业设计、医疗成像、高性能计算的结果呈现等场景。神行工具包（DeepGPU）应用场景 神行工具包中的组件主要包括神龙AI加速引擎AIACC（AIACC-Training和AIACC-...
云产品事件触发器概述
弹性高性能计算事件 弹性高性能计算事件类型包括阿里云平台对资源执行的操作事件、API调用和控制台的操作事件。批量计算事件 批量计算事件类型包括Job已取消事件、Instance已经Ready事件和Project创建事件等。弹性伸缩事件 弹性伸缩事件...
云产品事件触发器概述
弹性高性能计算事件 弹性高性能计算事件类型包括阿里云平台对资源执行的操作事件、API调用和控制台的操作事件。批量计算事件 批量计算事件类型包括Job已取消事件、Instance已经Ready事件和Project创建事件等。弹性伸缩事件 弹性伸缩事件...
常见问题
弹性高性能计算服务关联角色（AliyunServiceRoleForEHPC）是访问控制提供的一种服务关联角色，用于授权E-HPC访问关联云资源。通过AliyunServiceRoleForEHPC，E-HPC可以获得云服务器ECS、专有网络VPC、文件存储NAS等阿里云产品的访问权限。...
产品优势
相较于其他HPC集群，阿里云弹性高性能计算E-HPC产品具有灵活部署、弹性资源、数据安全、高可用性、结果可视等特点。弹性高性能计算E-HPC的优势 灵活部署 您可以在E-HPC控制台快速创建高性能计算集群。一键部署需要的高性能计算环境和应用...
查看集群性能
查看性能大盘 登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 作业 与性能 管理>E-HPC优化器。在 性能大盘 页面，找到目标集群，查看集群的基本信息和节点热力图。如上图所示，热力图中每个方格表示一个...
弹性高性能计算系统权限策略参考
本文描述弹性高性能计算支持的所有系统权限策略及其对应的权限描述，供您授权 RAM 身份时参考。什么是系统权限策略 权限策略是用语法结构描述的一组权限的集合，可以精确地描述被授权的资源集、操作集以及授权条件。阿里云访问控制（RAM）...
什么是弹性高性能计算E-HPC
弹性高性能计算E-HPC（Elastic High Performance Computing）是阿里云提供的性能卓越、稳定可靠、弹性扩展的高性能计算服务。弹性高性能计算将计算能力积聚，用并行计算方式解决更大规模的科学、工程和商业问题，在科研机构、石油勘探、...
镜像关联
背景信息 服务商需要根据服务的镜像规划，在模板中写入ECS实例、ECS实例组、ESS伸缩组或弹性高性能计算E-HPC的镜像ID属性。计算巢会从模板中解析出所有的镜像ID，服务商仅需将源镜像与所选的部署物关联，在创建服务实例时，会根据服务实例...
管理用户
创建用户 打开弹性高性能计算控制台的 用户 页面。登录 弹性高性能计算控制台。在顶部菜单栏左上角处，选择地域。在左侧导航栏，选择 资源管理>用户。在 用户 页面，从 集群 列表中选择目标集群，然后单击 新增用户。在 新增用户 页面，...
测试SCC集群性能
超级计算集群SCC具有无虚拟化损耗、高带宽低延迟网络的优点，可以保证高性能计算和人工智能、机器学习等应用的高度并行需求。本文为您介绍如何创建SCC集群，并测试SCC集群的相关性能。背景信息 超级计算集群SCC（Super Computing Cluster）...
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