本文以CP2K软件为例，介绍如何在E-HPC上进行分子动力学研究。
背景信息
CP2K是一款功能强大的分子动力学模拟软件，主要用于研究计算固态、液体、分子和生物体系的性质。CP2K基于密度泛函理论(DFT)，为不同的建模方法（例如使用混合高斯的DFT和使用平面波方法的GPW和GAPW）提供了通用框架 。更多信息，请参见CP2K介绍。
本实践中，E-HPC结合对象存储OSS、云速搭CADT、云服务器ECS、GPU云服务器及文件存储NAS等产品，在阿里云上构建低成本的分子模拟MDaaS（Molecular Dynamics as a Service）超算集群，通过运行CP2K这款开源仿真软件来实现分子运动及动力模拟。
准备工作
登录阿里云控制台，开通相关产品（E-HPC、NAS、ECS、OSS、CADT、RAM）的服务。
请根据需要进行网络部署及资源规划。本实践规划内容如下：
地域选择华北 2（北京）。
专有网络（VPC）的CIDR为192.168.0.0/16，虚拟交换机（vSwitch）使用可用区H 192.168.0.0/24。
E-HPC创建为标准集群（登录节点1个，管控节点2个，计算节点2个）。
操作流程
使用CP2K软件进行分子动力学研究的操作流程如下：
步骤一：搭建基础环境
登录云速搭CADT控制台。
在页面左上方的菜单栏，选择新建 > 官方模板库新建。
在页面右上方搜索EHPC分子动力学最佳实践模板，单击基于应用新建。
在创建完成的应用架构中双击
，镜像类型选择自定义镜像，镜像选择cp2k-20210910。配置完成后，单击保存，在弹出的对话框中输入应用名称，单击确认。
单击部署应用。
说明如果弹出属性校验报错或校验失败的提示，请根据页面提示信息进行修正，完成后需要重新单击保存和部署应用。
校验和计价完成后，在确认订单页面，勾选《云速搭服务条款》并单击下一步：支付并创建。
资源部署状态页面显示部署成功，说明基础环境搭建成功。
步骤二：创建用户
登录云速搭CADT控制台。
打开资源清单，单击ehpc。
在E-HPC控制台左侧导航栏，选择资源管理 > 用户。
在集群用户管理页签单击新增用户。
设置用户名、用户组及密码后，单击确定。
说明此例中创建的用户名为
user1，用户组为sudo用户组。
步骤三：提交作业
登录E-HPC控制台。
在集群列表中选择对应集群，在页面右侧单击远程连接。
使用
root用户登录集群。执行如下命令关联文件并设置权限。
ln -sf /root/.local/ /home/user1/切换为
user1用户，在/home/user1目录下，拷贝作业文件。cp -r /root/user1/* .执行
dpgen命令提交作业。cd dzh/CH4 dpgen run param.json machine.json说明param.json文件指定了运行时的一些参数和目录等信息，需要根据实际情况进行修改。
machine.json文件指定了计算节点的一些配置参数和相关目录等信息，需要根据实际情况修改。
作业产生的日志文件存放在
/home/user1/dpgen_work目录中。
返回E-HPC控制台，选择作业与性能管理 > 作业，查看作业完成状态。
单击E-HPC优化器，在性能大盘查看系统性能指标及状态。
步骤四：配置弹性伸缩
登录E-HPC控制台。
在左侧导航栏选择弹性 > 自动伸缩。
按照以下信息进行全局配置。
开关设置：同时勾选启动扩容和启动缩容
缩容时间（分钟）：6
镜像类型：自定义镜像，cp2k-20210910
进行队列配置。
单击右侧的编辑。
队列节点数设置为0~100。
单击配置清单右侧的增加。
按照以下信息进行新建配置，完成后单击确认。
可用区：华北2可用区H
交换机ID：vsw-2*************khyl
实例类型：ecs.gn6***********grge
抢占式策略：系统自动出价，最高按量付费价格
在队列配置页面，单击确认。
在自动伸缩页面，单击确认。
输入校验码，单击确定。
说明弹性自动伸缩功能设置完成后，系统会根据作业的情况自动进行节点扩容和缩容。您可以在E-HPC控制台的节点与队列页面查看计算节点的扩容和缩容状态。