如何使用E-HPC运行GROMACS进行分子动力学模拟_弹性高性能计算(E-HPC)-阿里云帮助中心

E-HPC客户端提供了可视化的页面来配置GROMACS，可以快速提交GROMACS作业进行分子动力学模拟。

背景信息

GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是一款通用软件，可以对具有数百万颗粒子的系统进行基于牛顿运动方程的分子动力学模，主要用于生物化学分子，如蛋白质、脂质等具有多种复杂键合相互作用的核酸分析。

本文以GROMACS为例，介绍如何使用E-HPC客户端来运行应用，包括：

使用E-HPC客户端提交作业前，请确保集群已完成以下准备工作：

已在集群各计算节点安装GROMACS。

命令参考如下：

sudo yum install -y gromacs
sudo cp /usr/bin/gmx /usr/bin/gmx_mpi

已在集群的管控节点（精简部署集群）或登录节点（标准部署集群）安装tmux。
命令参考如下：
```
sudo yum install -y tmux
```
集群已打开VNC。具体操作，请参见使用VNC远程可视化。
确认集群所属安全组已开放相关端口。
- 客户端登录端口：12011。
- VNC所需端口：首个VNC窗口使用12017端口，如果有多个用户使用VNC，则端口号按顺序递增。例如：有3个用户需使用VNC，则需开放12017、12018和12019端口。
具体操作，请参见添加安全组规则。

登录E-HPC客户端。
具体操作，请参见登录客户端。
通过Terminal连接集群，在集群中下载并解压算例。
1. 在左侧导航栏，选择会话管理，然后单击terminal，打开Terminal窗口。
2. 执行以下命令下载并解压算例。
  本文采用水分子运动算例作为示例，该算例模拟大量水分子在给定空间、温度内的运动过程。
```
wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/water_GMX50_bare.tar.gz
tar xzvf water_GMX50_bare.tar.gz
```
3. 使用SSH命令切换到计算节点，执行以下命令对算例文件进行预处理。
```
cd water-cut1.0_GMX50_bare/0012/
gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr
```
确认VNC功能可用。
在会话管理页面的右上角单击VNC，测试VNC功能是否可用。
- 如果可以连接，则表示VNC功能可用；
- 如果无法连接，请检查是否已安装VNC服务，以及是否已开放VNC所需端口。

配置GROMACS应用，提交作业。

在弹出面板，配置作业相关参数，然后单击提交。运行gromacs-1

参数类型	参数	示例值	描述
基础参数	作业名称	gromacstest	自定义设置。
	作业队列	workq	运行该作业的队列。
	CPU核数	16	单个节点的CPU核数。
	节点数	3	运行该作业所需的计算节点数。
	输出日志	gromacs.log	作业运行日志的输出路径。
应用参数	预处理文件（.tpr）	/home/user***/water-cut1.0_GMX50_bare/0012/topol_pme.tpr	选择已经预处理的算例文件。
应用参数	模拟迭代步数	1000	设置最大运行步数（nsteps）。

查询作业执行情况。
1. 在左侧导航栏，选择作业查询。
2. 设置查询条件，查询作业执行情况。
  当作业状态为FINISHED时，表示作业执行完成，单击详情可以查看作业详细信息。
在作业执行完成后，配置VNC，查看作业结果。
1. 在左侧导航栏，选择应用中心。
2. 单击gromacs-vnc。
3. 在弹出面板，选择要查看结果的算例文件，单击提交。
在会话管理页面的右上角单击VNC，打开VNC窗口，在弹出的VMD窗口中查看作业结果。