E-HPC提供了业界主流的科学计算应用、编译器运行时库、MPI通信库等软件，本文介绍E-HPC支持的软件，以及相关软件的应用场景等。
E-HPC软件栈
本文列出支持自动部署的软件，您也可以通过自定义镜像的方式自行部署其他需要的软件。
软件列表
名称
版本
简介
需要选中的依赖包
ABySS
2.1.5
基于短序列的基因组双端组装工具，多节点并行版本。
Intel-MPI 2018
Anaconda
2018.12-py27
2018.12-py37
Python环境管理工具。
无
BLAST
2.8.1
在生物信息数据库中进行相似性比较的分析软件。
无
DeepChem
2.0.0
面向药物设计的深度学习Python库。
无
GAMESS-GPU
2018.2
从头计算量子化学软件，GPU加速版本。
CUDA-Toolkit 9.0
GROMACS
5.0.7
分子动力学模拟软件，单机版本。
无
GROMACS-OpenMPI
5.0.7
分子动力学模拟软件，多节点并行版本。
OpenMPI 1.10.7
GROMACS-CPU-AVX512
2018.3
分子动力学模拟软件，多节点并行版，支持AVX512指令集。
Intel-MPI 2018
Intel-MKL 2018
Intel-ICC-RUNTIME 2018
GROMACS-GPU
2018.1
分子动力学模拟软件，多节点GPU加速版本。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
HELYX-OS
2.4.0
流体力学前处理软件，支持可视化版本。
无
HMMER
3.2.1
基于隐马尔可夫模型，用于生物序列比对分析的软件。
无
LAMMPS-CPU-INTELMPI
12Dec18
分子动力学模拟软件，多节点并行版本。
Intel-MPI 2018
LAMMPS-GPU-OpenMPI
12Dec18
分子动力学模拟软件，多节点GPU加速版本。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
Miniconda
py27
py37
精简版conda环境。
无
MOMAP
1.0.1
预测多分子材料性质的软件，多节点并行版本。
MPICH2
NAMD-OpenMPI
2.12
分子动力学模拟软件，多节点并行版本。
OpenMPI 1.10.7
NAMD-GPU-MULTICORE
2.12
分子动力学模拟软件，单节点GPU加速版本。
CUDA-Toolkit 9.0
NAMD-GPU
2.12
分子动力学模拟软件，多节点GPU加速版本。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
OpenFOAM-OpenMPI
5.0
流体力学模拟软件，多节点并行版本。
OpenMPI 1.10.7
OVITO
2.9.0
用于原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件。
无
ParaView
4.3.1
二维、三维数据分析和可视化软件。
无
Relion-OpenMPI
2.0.3
单颗粒冷冻电镜软件，多节点并行版本。
OpenMPI 1.10.7
Relion-GPU
2.0.3
单颗粒冷冻电镜软件，多节点GPU加速版本。
OpenMPI 3.0.0
Semtex
8.2
流体力学求解器，多节点并行版本。
OpenMPI 1.10.7
TensorFlow
1.7.0-cp27-pypi
基于数据流的开源深度学习框架。
无
TensorFlow-GPU
1.7.0-cp27-pypi
基于数据流的开源深度学习框架，GPU加速版本。
无
VMD
1.9.3
分子动力学模拟可视化软件。
无
WRF-MPICH
3.8.1
用于气象研究和天气预测的大气模型系统，多节点并行版本。
MPICH 3.2
WRF-OpenMPI
3.8.1
用于气象研究和天气预测的大气模型系统，多节点并行版本。
OpenMPI 1.10.7
性能测试软件
名称
版本
简介
需要选中的依赖包
LINPACK
2018
浮点性能评测工具。
Intel-MPI 2018
STREAM
2018
访存带宽评测工具。
无
Intel-MPI-Benchmarks
2019
MPI通信效率评测工具。
Intel-MPI 2018
OSU-Micro-Benchmarks
5.4.4
MPI通信效率评测工具。
Intel-MPI 2018
Iperf
2.0.12
网络带宽评测工具。
无
FIO
3.1
磁盘读写效率评测工具。
无
运行时库
MPI通信库
GPU加速库
Intel高性能库
Intel-MPI
OpenMPI
MPICH
MVAPICH
CUDA-Toolkit
cuDNN
Intel-ICC-RUNTIME
Intel-IFORT-RUNTIME
Intel-MKL
Intel-DAAL
Intel-IPPIntel-TBB