使用E-HPC Portal快速开启GROMACS分析任务_弹性高性能计算(E-HPC)-阿里云帮助中心

本文以在E-HPC集群中使用GROMACS软件运行水分子算例进行高性能计算为例，介绍如何利用E-HPC Portal快速运行作业。

更多关于E-HPC Portal信息，请参见E-HPC Portal功能概述。

准备工作

已创建服务关联角色。首次登录E-HPC控制台，系统会提示您创建E-HPC服务关联角色。
已创建专有网络VPC和交换机。具体操作，请参见创建专有网络和创建交换机。
已创建存储资源。E-HPC集群支持挂载NAS和CPFS文件系统，可按需选择。
- 挂载NAS：需开通NAS服务，创建NAS文件系统和挂载点。具体操作，请参见创建文件系统和添加挂载点。
- 挂载CPFS-NFS：需开通CPFS服务，创建CPFS文件系统、协议服务和导出目录。具体操作，请参见创建文件系统、管理协议服务和管理导出目录。

步骤一：使用模板创建集群

进入集群列表页面。
1. 登录弹性高性能计算控制台。
2. 在顶部菜单栏左上角处，选择地域。
3. 在左侧导航栏，单击集群。
单击集群模板，在弹出对话框中，找到生命科学集群区域，在Gromacs中单击创建集群按钮。
说明
该模板默认包含1个管理节点、1个登录节点和1个计算节点，规格如下：
- 管理节点和登录节点：均采用ecs.c8y.xlarge实例规格，该规格配置为4 vCPU，8 GiB内存。
- 计算节点：采用ecs.c8y.16xlarge实例规格，该规格配置为64 vCPU、128 GiB内存。
完成集群名称、密码设置，并确认配置信息无误，然后单击创建集群。

步骤二：使用E-HPC Portal提交作业

在集群中提交作业前，您需要为集群新增用户。本文以创建testuser用户为例。
具体操作，请参见用户管理。
使用testuser用户登录E-HPC Portal。
具体操作，请参见登录E-HPC Portal。

上传数据。

单击页面右上角图标，通过Workbench远程连接集群。

执行以下命令，下载并解压算例。

说明

本算例为模拟大量水分子在给定空间、温度内的运动过程。

cd /home/testuser;
wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/water_GMX50_bare.tar.gz;
tar xzvf water_GMX50_bare.tar.gz;
chown -R testuser water-cut1.0_GMX50_bare;
chgrp -R users water-cut1.0_GMX50_bare

执行以下命令，创建脚本文件。

vim /home/testuser/testjob.slurm

添加以下内容至脚本文件中：

说明

本示例使用名为testuser的用户提交作业，在一个包含8 vCPU、128 GiB内存的计算节点compute000上运行。在实际使用场景中您可根据集群配置情况做出适当修改。

#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=testjob
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1

export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/   #module命令依赖的环境变量
module load gromacs/2024.1 
module load mpich/4.0.3
module load armpl/24.04
module load libfabric/1.20.0
module load gcc/12.3.0 

cd /home/testuser/water-cut1.0_GMX50_bare/0096

gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr  
mpirun -np 32  gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -nsteps 100000  -pin on -s topol_pme.tpr

在顶部导航栏，选择任务管理。
在页面上方，单击submitter。

在创建作业页面，填写以下作业信息。

参数	示例	说明
作业名称	testjob	作业的名称。
作业队列	comp	运行作业的队列。
执行命令	选择本地文件：`/home/testuser/testjob.slurm`	向调度器提交的作业执行命令，可以是脚本文件，也可以是一段命令文本。

单击提交作业。

步骤三：查看作业结果

在顶部导航栏，选择任务管理。
在作业列表页面，找到目标作业。
当作业状态为COMPLETED时，表示作业已执行完成。
单击作业ID查看作业详情。

（可选）步骤四：释放集群

当您不再需要该集群提供服务时，您可以释放该集群，以免产生额外的费用。

重要

集群释放后，无法恢复数据，请谨慎操作。

进入集群列表页面。
1. 登录弹性高性能计算控制台。
2. 在顶部菜单栏左上角处，选择地域。
3. 在左侧导航栏，单击集群。
在集群列表页面，找到目标集群，在右上角选择 > 释放集群。
在弹出的删除集群对话框中，单击确认。