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LAMMPS

更新时间:2019-03-08 13:04:36

官网

http://lammps.sandia.gov/

简介

LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款经典分子动力学软件。LAMMPS包含的势可用于固体材料(金属、半导体)、软物质(生物大分子,聚合物)、粗粒化或介观尺度模型体系。

算例 1 “3d Lennard-Jones melt”

准备工作

运行以下示例需要在创建集群时选择安装LAMMPS相关软件包。

setup_LAMMPS

同时还需选择所依赖的相关MPI库

setup_mpi

以及可视化结果查询服务中用到的VMD

vmd

操作步骤

1.. 进入EHPC控制台作业界面,点击右上角创建作业。

2.. 在创建作业页面左侧添加用户信息,和作业执行命令:

  1. ./lammps.pbs

3.. 点击页面右侧编辑作业文件按钮,新建作业文件lammps.pbs脚本和3d Lennard-Jones melt算例文件lj.in。

  • lammps.pbs脚本:
  1. #!/bin/sh
  2. #PBS -l select=2:ncpus=1:mpiprocs=1
  3. #PBS -j oe
  4. export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/
  5. module load lammps-openmpi/31Mar17
  6. module load openmpi/1.10.7
  7. echo "run at the beginning"
  8. mpirun lmp -in ./lj.in
  • lj.in算例文件:

lj.in

4.. 提交作业,等待作业运行完成。

5.. ‘VNC+VMD’方式查看作业运行结果内容:

  • 如果没有安装VMD,进入集群界面,安装VMD。

VMD

  • 打开远程可视化VNC服务(创建集群时必须打开可视化服务按钮)。
  • 在可视化服务窗口,右键打开open Terminal,在root用户下输入:
  1. /opt/vmd/1.9.3/vmd
  • 在VMD Main页面,点击file按钮新建一个Molecule,其中filename文件为集群用户目录(如:/home/alibaba/sample.xyz)下的sample.xyz文件,file type类型为automatically,最后直接点击load按钮进行加载即可。

load结果

6.. 3d Lennard-Jones melt算例结果可视化展示:

结果模型