通过命令行提交作业

前提条件

• 已创建用户，具体操作，请参见创建用户。

  说明

  不推荐使用root帐号提交任何作业，避免作业脚本中的误操作导致E-HPC集群数据遭受破坏。

• 已放置作业文件到当前用户的$HOME目录。

背景信息

以下操作步骤中介绍了PBS、SLURM、SGE三种作业调度系统命令行示例，作业相关文件和路径示例为：

$HOME/test.py           # 作业执行程序
$HOME/test.data         # 作业相关数据

作业执行命令行为：

test.py -i test.data

操作步骤

1. 通过SSH客户端远程登录到集群。更多信息，请参见使用SSH工具连接。

2. 选择其中一种调度器，执行作业命令。

   • PBS

     PBS命令行示例如下所示，更多信息，请参见PBS官网。

     $ cat > test.pbs
     #!/bin/sh
     #PBS -l ncpus=4,mem=1gb   #对作业所需计算资源的预估：需要 4 vCPU及1 GB内存。
     #PBS -l walltime=00:10:00     #对作业运行时间的预估：10分钟。
     #PBS -o test_pbs.log              #指定stdout输出文件。      
     #PBS -j oe                              #把stderr和stdout的输出合并到上面指定的输出文件。
     cd $HOME
     test.py -i test.data
     $ qsub test.pbs

   • SLURM

     SLURM命令行示例如下所示，更多信息，请参见SLURM官网。

     关于SLURM更多算例的使用，请参见LAMMPS和WRF。

     $ cat > test.slurm
     #!/bin/sh
     #SBATCH --job-name=slurm-quickstart   #作业名称：slurm-quickstart
     #SBATCH --output=test_slurm.log           #指定stdout输出文件。
     #SBATCH --nodes=1                                 #指定节点数量。
     #SBATCH --ntasks=1                                 #指定任务数量。
     #SBATCH --cpus-per-task=1                     #指每个任务需要的CPU个数。
     #SBATCH --time=00:10:00                        #对作业运行时间的预估：10分钟。
     #SBATCH --mem-per-cpu=1024              #指每个CPU分配的内存。
     cd $HOME
     test.py test.data
     $ sbatch test.slurm

   • SGE

     SGE命令行示例如下所示，更多信息，请参见SGE官网。

     qsub -V -b y -cwd hostname
     qsub -V jobscript.sh