AlphaFold2 Ehpc快速部署_计算巢服务(Compute Nest)-阿里云帮助中心

AlphaFold2是DeepMind制造的深度学习模型，用于蛋白质结构预测。本文介绍了通过阿里云ehpc Nvidia GPU规格和计算巢快速部署AlphaFold2。

前提条件

部署AlphaFold2社区版服务实例，需要对部分阿里云资源进行访问和创建操作。因此您的账号需要包含如下资源的权限。

说明

当您的账号是RAM账号时，才需要添加此权限。

权限策略名称	备注
AliyunECSFullAccess	管理云服务器服务（ECS）的权限
AliyunEHPCFullAccess	管理弹性高性能计算（EHPC）的权限
AliyunNASFullAccess	管理文件存储（NAS）的权限
AliyunVPCFullAccess	管理专有网络（VPC）的权限
AliyunROSFullAccess	管理资源编排服务（ROS）的权限
AliyunComputeNestUserFullAccess	管理计算巢服务（ComputeNest）的用户侧权限

计费说明

AlphaFold2社区版在计算巢部署的费用主要涉及：

弹性高性能计算集群（EHPC）费用
文件系统（NAS）费用
流量带宽费用

部署架构

部署由一个ehpc集群组成，EHPC集群中包括1台manager节点和多台compute节点。
manager和compute节点都部署在ECS上，其中compute节点包含gpu卡。
服务使用nas-cpfs构建高性能共享文件系统。

参数说明

参数项	说明
服务实例名称	长度不超过64个字符，必须以英文字母开头，可包含数字、英文字母、短划线（-）和下划线（_）。
地域	服务实例部署的地域。
付费类型	资源的计费类型：按量付费和包年包月。
集群登录密码	长度8-30，必须包含三项（大写字母、小写字母、数字、 ()`~!@#$%^&*-+=\|{}[]:;'<>,.?/ 中的特殊符号）。
Ehpc部署模式	Tiny，Simple，Standard。
计算节点实例类型	可用区下可以使用的计算节点规格。
计算节点数量	计算节点数量, 可选值：1-99。
登录节点实例类型	可用区下可以使用的登录节点规格。
管控节点数量	管控节点数量, 可选值：1,2,4。
登录用户名	软件登录的用户名。
登录用户密码	长度8-30，必须包含三项（大写字母、小写字母、数字、 ()`~!@#$%^&*-+=\|{}[]:;'<>,.?/ 中的特殊符号）。
可用区	ECS实例所在可用区。
VPC ID	资源所在的VPC。
交换机ID	资源所在的交换机。

部署流程

访问计算巢AlphaFold2社区版部署链接，按提示填写部署参数。
参数填写完成后可以看到对应询价明细，确认参数后点击下一步：确认订单。
确认订单完成后同意服务协议并单击立即创建，进入部署阶段。部署会用时几个小时，下载数据会比较慢，下载输出的日志存放在/root/download.log中。
等待下载数据完毕后就可以开始使用服务。可以到CASP14中拷贝T1050的示例数据存放到/home/alphafold/T1050.fasta中，通过ehpc控制台ssh登录，输入用户名密码登录。

然后到ehpc控制台任务管理执行命令。

    -- /usr/bin/python3 /home/share/alphafold/docker/run_docker.py --fasta_paths=/home/alphafold/T1050.fasta --max_template_date=2020-05-14 --data_dir=/home/data --docker_image_name=alphafold:latest --output_dir=/home/alphafold

查看ehpc任务状态等待几个小时后发现 /home/alphafold/目录生成了对应的日志（T1050.e1）和结果（T1050文件夹），进入T1050文件夹拷贝出rank_0.pdb。
在蛋白质结构预测结果网站中打开rank_0.pdb，会看到对应的蛋白质结构。