使用E-HPC集群运行Schrodinger软件来计算分子结构_弹性高性能计算(E-HPC)-阿里云帮助中心

本文介绍如何使用E-HPC集群运行Schrodinger软件来计算分子结构。

背景信息

Schrodinger基于物理学的计算平台，集成了用于预测建模、数据分析的差异化解决方案，以实现对化学空间的快速探索，主要应用于药物发现，以及航空航天、能源、半导体和电子显示器等不同领域的材料科学。更多信息，请参见Schrodinger官网。

准备工作

创建E-HPC集群。具体操作，请参见使用向导创建集群。

配置集群时，软硬件参数配置如下：

参数	说明
硬件参数	部署方式为标准，包含2个管控节点，1个计算节点和1个登录节点。其中计算节点使用GPU实例规格（如ecs.gn5-c4g1.xlarge）。
软件参数	镜像选择CentOS 7.6公共镜像，调度器选择Slurm，并打开VNC开关。

创建集群用户。具体操作，请参见创建用户。
集群用户用于登录集群，进行编译软件、提交作业等操作。本文创建的用户示例如下：
- 用户名：testuser
- 用户组：sudo权限组
安装VMD软件。具体操作，请参见安装软件。
下载并安装Schrodinger软件。
Schrodinger软件为付费软件，具体购买、下载、安装和使用方式请参见Schrodinger官网。
在计算节点上下载并安装CUDA驱动。
CUDA驱动的下载和安装请参见NVIDIA CUDA。

步骤一：配置Schrodinger使用环境

首次使用Schrodinger软件时，需要先配置好使用环境。

使用root用户连接集群。具体操作，请参见登录集群。
执行以下命令，修改Slurm调度器的config文件。
```
vim /opt/schrodinger/queues/SLURM2.1/config 
```
在config文件里配置REMOTE_LICENSE_SERVER=${ehpcname} ，${ehpcname}请替换为您注册Slurm调度器的Lincese时设置的server值，示例如下：
```
QPATH=/usr/bin
QPROFILE=
QSUB=sbatch
QDEL=scancel
QSTAT=squeue
LICENSE_CHECKING=yes
REMOTE_LICENSE_SERVER=schrodinge_ehpc-test
```

执行以下命令，修改Schrodinger软件的hosts文件配置。

vim /opt/schrodinger/schrodinger.hosts

内容示例如下：

name: comp-gpu
queue: SLURM2.1
qargs: --partition=comp --nodes=1  --ntasks=%NPROC% --mem=3G  --gres=gpu:%NPROC%
host: manager
processors: 4
gpgpu: 0, NVIDIA P100

（条件必选）步骤二：配置自动伸缩

如需实现集群能够根据Schrodinger软件执行的作业需求自动扩容或缩容计算节点，请按照以下指引进行操作。若您无需此功能，请跳过此步骤，继续执行步骤三：提交作业。

说明

E-HPC已针对Schrodinger软件进行了适配，支持感知其License配额，并提供自动伸缩服务，以便高效利用计算资源。

为了确保集群的自动伸缩功能正常运行，请提交工单联系阿里云获取技术支持，配置与该软件License配额相关的感知模块及相应服务。
启用并配置目标集群的自动伸缩功能。具体操作，请参见配置自动伸缩。
重要
如果您将配置项队列节点数的最小节点数修改为非0值，集群缩容时该队列会保留最小节点数量的节点，即使是空闲节点也不会被释放。请您谨慎设置最小节点数，以免导致自动缩容后队列中存在空闲节点，造成资源浪费和不必要的经济损失。

步骤三：提交作业

使用集群用户（本文示例为testuser）连接集群。具体操作，请参见登录集群。

执行以下命令，下载并解压用于测试的算例文件。

wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/desmond_md_job_10-GPU.tar.gz
tar xf desmond_md_job_10-GPU.tar.gz

执行以下命令，提交作业。
```
cd desmond_md_job_10
./desmond_md_job_10.sh
```
预期返回示例如下，表示生成的作业ID为manager-0-646496c8。
```
JobId: manager-0-646496c8
```

步骤四：查看作业结果

执行以下命令，查看作业运行情况。
```
squeue
```
返回信息中可以看到作业信息，其中ST为R时，表示作业正在运行中。
```
             JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
                 3      comp desmond_ testuser  R       1:27      1 compute000
```
说明
- 作业运行大约需要10分钟。作业运行结束后，您可以执行sacct命令确认作业是否运行完成。
- 作业结果将输出到desmond_md_job_10-out.cms。
使用VNC可视化查看作业结果。
1. 打开VNC。
  1. 在弹性高性能计算控制台的左侧导航栏，单击集群。
  2. 在集群页面，找到目标集群，单击更多 > VNC。
  3. 使用VNC远程连接可视化服务。具体操作，请参见连接可视化服务。
2. 在VNC窗口中，选择Application>System Tools>Terminal。
3. 运行/opt/vmd/1.9.3/vmd打开VMD软件。
4. 在VMD Main对话框中，选择File > New Molecule...。
5. 单击Filename处对应的Browse...，选择结果文件desmond_md_job_10-out.cms。
  本文使用testuser用户作为示例，作业结果文件所在路径为/home/testuser/desmond_md_job_10/desmond_md_job_10-out.cms。
6. 单击Load，可在VMD 1.9.3 OpenGL Display窗口查看可视化结果。