阿里云电子政务云的管控台与阿里公共云的管控台隔离，政务云的管控台单独部署在政务云平台。
阿里云电子政务云管控台
为保障政务云的独立性、安全性，政务云管控台也保持独立部署。政务云管控台与阿里公共云的管控台采用同套代码，但独立部署于政务云平台，并与阿里公共云的管控台保持同步升级、运维、管理。在保障政务云管控台独立、安全的同时，保持与公共云一致的用户体验，降低用户使用的学习成本。
在此种独立管控台策略下：
- 阿里云公共云管控台出现故障时，阿里云电子政务云管控台不受影响。
- 用户登录管控台入口与公共云保持一致，通过政务云的专属用户标签，用户登录后进入政务云专属管控台。
阿里云电子政务云管控台特殊性
阿里云专门为阿里云电子政务云提供了域名配置、拦截配置、功能管理、链接管理、消息管理等功能，便于在特殊的政务环境下进行有针对性且和阿里云公共云有区别的后台管理模式。
这种特殊性进一步加强了阿里云政务云的隔离属性以及安全属性。
但由于阿里云电子政务云属于阿里云体系，所有账号、经费等均需调用阿里云自身体系，无法独立，故在阿里云商品，订单，支付，账单以及可能影响整体管控的部分出现问题时，阿里云电子政务云也会受到影响，这种影响无法避免。
相较于单独部署阿里云电子政务云相关体系所拥有的SLA是远远低于阿里云自身维护的体系，所以此问题不是单独部署就可以解决，反而由于单独部署从原先的多副本下降至1本地副本。