创建作业

本文以运行水分子算例介绍如何快速创建作业。

前提条件

已在集群中创建用户,具体操作,请参见创建用户

操作步骤

  1. 登录弹性高性能计算控制台

  2. 在顶部菜单栏左上角处,选择地域。

  3. 集群页面,找到gromacs-test集群,单击远程连接

  4. 远程连接页面,输入gmx.test的用户名、密码和节点端口,单击ssh连接

  5. 下载并解压算例。

    说明

    本算例为模拟大量水分子在给定空间、温度内的运动过程。

    cd /home/gmx.test;
    wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/water_GMX50_bare.tar.gz;
    tar xzvf water_GMX50_bare.tar.gz;
    chown -R gmx.test water-cut1.0_GMX50_bare;
    chgrp -R users water-cut1.0_GMX50_bare
  6. 集群页面,找到gromacs-test集群,单击作业

  7. 作业页面右上角,单击创建作业

  8. 在创建作业页面,选择新建文件 > 使用文件模板 > pbs demo

  9. 按下图完成作业配置,单击确认提交作业。

    GROMACS作业 作业文件配置如下:

    说明

    本示例使用名为gmx.test的用户提交作业,在一个包含8 vCPU和1块P100 GPU卡的计算节点compute000上运行。在实际使用场景中您可根据集群配置情况做出适当修改。

    #!/bin/sh
    #PBS -j oe
    #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4
    #PBS -q workq
    
    export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/   #module命令依赖的环境变量
    module load gromacs-gpu/2018.1
    module load openmpi/3.0.0
    module load cuda-toolkit/9.0
    export OMP_NUM_THREADS=1
    
    cd /home/gmx.test/water-cut1.0_GMX50_bare/0096
    /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr   #前处理过程,生成tpr格式输入文件
    
    mpirun -np 4 /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -nsteps 100000 -pin on -s topol_pme.tpr   #-ntomp指定每个进程开启的OpenMP线程数,-nsteps指定模拟迭代步数

执行结果

创建作业完成后,在作业列表页即可查看已提交的作业。

单击该作业操作列的详情。在弹出的作业信息面板页,即可查看作业的详细信息,包括作业名称、作业ID、开始时间、最后更新时间、作业运行信息等。

后续步骤

查看作业结果