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基于Kubernetes使用PyTorch进行分布式训练

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本文展示如何使用Arena提交PyTorch的分布式训练作业，并通过TensorBoard可视化查看训练作业。

前提条件

背景信息

本文示例从Git URL下载源代码，数据集放在共享存储系统（基于NAS的PV和PVC）中。示例假设您已经获得了一个名称为training-data的PVC实例（一个共享存储），里面存在一个目录pytorch_data，存放了示例所使用的数据集。

操作步骤

  1. 执行以下命令检查可用的GPU资源。

    arena top node

    预期输出：

    NAME                       IPADDRESS     ROLE    STATUS  GPU(Total)  GPU(Allocated)
cn-huhehaote.192.16x.x.xx  192.1xx.x.xx  master  ready   0           0
cn-huhehaote.192.16x.x.xx  192.1xx.x.xx  master  ready   0           0
cn-huhehaote.192.16x.x.xx  192.1xx.x.xx  master  ready   0           0
cn-huhehaote.192.16x.x.xx  192.1xx.x.xx  <none>  ready   2           0
cn-huhehaote.192.16x.x.xx  192.1xx.x.xx  <none>  ready   2           0
cn-huhehaote.192.16x.x.xx  192.1xx.x.xx  <none>  ready   2           0
-----------------------------------------------------------------------------------------
Allocated/Total GPUs In Cluster:
0/6 (0%)

    由上看出，有3个包含GPU的节点可用于运行训练作业。

  2. 执行arena submit tfjob/tf [--flag] command形式命令提交PyTorch多机作业。

    通过以下代码示例提交一个3机1卡的PyTorch训练作业。

    arena submit pytorch \
        --name=pytorch-dist \
        --gpus=1 \
        --workers=3 \
        --working-dir=/root \
        --image=registry.cn-beijing.aliyuncs.com/ai-samples/pytorch-with-tensorboard:1.5.1-cuda10.1-cudnn7-runtime \
        --sync-mode=git \
        --sync-source=https://code.aliyun.com/370272561/mnist-pytorch.git \
        --data=training-data:/mnist_data \
        --tensorboard \
        --logdir=/mnist_data/pytorch_data/logs \
        "python /root/code/mnist-pytorch/mnist.py --epochs 10 --backend nccl --dir /mnist_data/pytorch_data/logs --data /mnist_data/pytorch_data/"

    预期输出：

    configmap/pytorch-dist-pytorchjob created
configmap/pytorch-dist-pytorchjob labeled
service/pytorch-dist-tensorboard created
deployment.apps/pytorch-dist-tensorboard created
pytorchjob.kubeflow.org/pytorch-dist created
INFO[0000] The Job pytorch-dist has been submitted successfully
INFO[0000] You can run `arena get pytorch-dist --type pytorchjob` to check the job status
    说明

    PyTorch的分布式作业较单机作业多了一个--workers参数，它表明参数分布式作业训练的所有节点数。一个分布式作业有多个节点，节点名称的组成结构：【job_name】-【role_name】-【index】。

    • 【job_name】为您指定作业的名称。

    • 【role_name】表名这个节点的角色，这里包含一个特殊的节点Master节点，对应PyTorch分布式作业中rank-0节点，该节点的实例名带有master关键字，例如pytorch-dist-master-0，并且一个作业仅有一个实例名带有master字样的节点。

    • 其他非rank-0的节点角色即为Worker节点，他们的rank号即为各自对应节点名称中【index】+1；每个节点都注入了RANK环境变量，因此，您也可以通过获取该环境变量拿到当前节点对应的rank号。

    参数解释如下表。

    参数

    是否必选

    解释

    默认值

    --name

    必选

    指定提交的作业名字，全局唯一，不能重复。

    无

    --working-dir

    可选

    指定当前执行命令所在的目录。

    /root

    --gpus

    可选

    指定作业Worker节点需要使用的GPU卡数。

    0

    --workers

    分布式作业必选

    指定作业需要的节点数，它设置的值包含Master节点。例如设置3，表明该作业包含1个Master节点和2个Worker节点。

    0

    --image

    必选

    指定训练环境的镜像地址。

    无

    --worker-image

    如果不指定--image，则必选。

    指定作业Worker节点需要使用的镜像地址。如果--image同时出现，则覆盖--image。

    无

    --sync-mode

    可选

    同步代码的模式，您可以指定git、rsync。本文使用Git模式。

    无

    --sync-source

    可选

    同步代码的仓库地址，需要和--sync-mode一起使用。本文示例使用Git模式，该参数可以为任何github项目地址。阿里云code项目地址等支持Git的代码托管地址。项目代码将会被下载到--working-dir下的code/目录中。本文示例即为：/root/code/mnist-pytorch。

    无

    --data

    可选

    挂载共享存储卷PVC到运行环境中。它由两部分组成，通过分号（:）分割。分号左侧是您已经准备好的PVC名称。您可以通过命令arena data list查看当前集群可用的PVC列表；分号右侧是您想将PVC的挂载到运行环境中的路径，也是您训练代码要读取数据的本地路径。这样通过挂载的方式，您的代码就可以访问PVC的数据。

    说明

    执行arena data list查看本文示例当前集群可用的PVC列表。

    NAME           ACCESSMODE     DESCRIPTION  OWNER  AGE
training-data  ReadWriteMany                      35m

    如果没有可用的PVC，您可创建PVC。详情请参见配置NAS共享存储。

    无

    --tensorboard

    可选

    为训练任务开启一个TensorBoard服务，用作数据可视化，您可以结合--logdir指定TensorBoard要读取的event路径。不指定该参数，则不开启TensorBoard服务。

    无

    --logdir

    可选

    需要结合--tensorboard一起使用，该参数表示TensorBoard需要读取event数据的路径。

    /training_logs

    重要

    如果您使用非公开Git代码库，则可以使用以下命令。

      arena --loglevel info submit pytorch \
        ...
        --sync-mode=git \
        --sync-source=https://code.aliyun.com/370272561/mnist-pytorch.git \
        --env=GIT_SYNC_USERNAME=yourname \
        --env=GIT_SYNC_PASSWORD=yourpwd \
        "python /root/code/mnist-pytorch/mnist.py --backend gloo"

    arena命令使用git-sync同步源代码。您可以设置在git-sync项目中定义的环境变量。

  3. 执行以下命令查看当前通过Arena提交的所有作业。

    arena list

    预期输出：

    NAME          STATUS     TRAINER     AGE  NODE
pytorch-dist  RUNNING    PYTORCHJOB  21s  192.16x.x.xx
pytorch-git   SUCCEEDED  PYTORCHJOB  46m  N/A
tf-dist       SUCCEEDED  TFJOB       14h  N/A
tf-git        SUCCEEDED  TFJOB       17h  N/A

  4. 执行以下命令检查作业所使用的GPU资源。

    arena top job

    预期输出：

    NAME          GPU(Requests)  GPU(Allocated)  STATUS     TRAINER     AGE  NODE
pytorch-dist  3              3               RUNNING    pytorchjob  29s  192.16x.x.xx
tf-dist       2              0               SUCCEEDED  tfjob       14h  N/A
tf-git        1              0               SUCCEEDED  tfjob       17h  N/A
pytorch-git   1              0               SUCCEEDED  pytorchjob  46m  N/A

Total Allocated GPUs of Training Job:
3

Total Requested GPUs of Training Job:
7

  5. 执行以下命令检查集群所使用的GPU资源。

    arena top node

    预期输出：

    NAME                       IPADDRESS     ROLE    STATUS  GPU(Total)  GPU(Allocated)
cn-huhehaote.192.1xx.x.xx  192.1xx.x.xx  master  ready   0           0
cn-huhehaote.192.1xx.x.xx  192.1xx.x.xx  master  ready   0           0
cn-huhehaote.192.1xx.x.xx  192.1xx.x.xx  master  ready   0           0
cn-huhehaote.192.1xx.x.xx  192.1xx.x.xx  <none>  ready   2           2
cn-huhehaote.192.1xx.x.xx  192.1xx.x.xx  <none>  ready   2           0
cn-huhehaote.192.1xx.x.xx  192.1xx.x.xx  <none>  ready   2           1
-----------------------------------------------------------------------------------------
Allocated/Total GPUs In Cluster:
3/6 (50%)

  6. 执行以下命令获取作业详情。

    arena get pytorch-dist

    预期输出：

    STATUS: RUNNING
NAMESPACE: default
PRIORITY: N/A
TRAINING DURATION: 57s

NAME          STATUS   TRAINER     AGE  INSTANCE               NODE
pytorch-dist  RUNNING  PYTORCHJOB  57s  pytorch-dist-master-0  192.168.0.33
pytorch-dist  RUNNING  PYTORCHJOB  57s  pytorch-dist-worker-0  192.168.0.31
pytorch-dist  RUNNING  PYTORCHJOB  57s  pytorch-dist-worker-1  192.168.0.31

Your tensorboard will be available on:
http://192.16x.x.xx:30131
    说明

    本文示例因为开启TensorBoard，在上述作业详情中最后两行，可以看到TensorBoard的Web访问地址；如果没有开启TensorBoard，最后两行信息不存在。

    通过以上命令，可以看到该作业包含一个Master节点（ rank-0节点）和2个Worker节点（非rank-0节点），它们共同参与整个训练。

  7. 通过浏览器查看TensorBoard。

    1. 在本地执行如下命令，将集群中的TensorBoard映射到本地9090端口。

      重要

      请注意kubectl port-forward建立的端口转发不具备生产级别的可靠性、安全性和扩展性，因此仅适用于开发和调试目的，不适合在生产环境使用。更多关于Kubernetes集群内生产可用的网络方案的信息，请参见Ingress概述。 

      kubectl port-forward svc/pytorch-dist-tensorboard 9090:6006

    2. 在浏览器中访问localhost:9090，即可查看TensorBoard。如下图所示。

      PyTorch

      说明

      本文PyTorch示例代码，默认每10次epoch写入event信息。如果您修改了--epochs参数，请修改为10的整数倍，否则无法在TensorBoard上看到数据。

  8. 执行以下命令获取作业日志信息。

    arena logs pytorch-dist

    预期输出：

    WORLD_SIZE: 3, CURRENT_RANK: 0
args: Namespace(backend='nccl', batch_size=64, data='/mnist_data/pytorch_data/', dir='/mnist_data/pytorch_data/logs', epochs=10, log_interval=10, lr=0.01, momentum=0.5, no_cuda=False, save_model=False, seed=1, test_batch_size=1000)
Using CUDA
...
Train Epoch: 10 [57600/60000 (96%)] loss=0.0026
Train Epoch: 10 [58240/60000 (97%)] loss=0.0101
Train Epoch: 10 [58880/60000 (98%)] loss=0.0106
Train Epoch: 10 [59520/60000 (99%)] loss=0.0051

accuracy=0.9904

    使用上述命令获取作业日志信息时，默认输出rank-0的节点（带有master字样的节点）日志。如果需要查看分布式训练任务中的某个节点日志，可以先查看作业详情获取作业的节点列表，然后使用命令arena logs $job_name -i $instance_name查看具体实例的日志。

    示例代码如下。

    arena get pytorch-dist

    预期输出：

    # 输出：
STATUS: SUCCEEDED
NAMESPACE: default
PRIORITY: N/A
TRAINING DURATION: 3m

NAME          STATUS     TRAINER     AGE  INSTANCE               NODE
pytorch-dist  SUCCEEDED  PYTORCHJOB  4m   pytorch-dist-master-0  192.16x.x.xx
pytorch-dist  SUCCEEDED  PYTORCHJOB  4m   pytorch-dist-worker-0  192.16x.x.xx
pytorch-dist  SUCCEEDED  PYTORCHJOB  4m   pytorch-dist-worker-1  192.16x.x.xx

Your tensorboard will be available on:
http://192.16x.x.xx:30131

    执行以下命令查看作业日志信息。

    arena logs pytorch-dist -i pytorch-dist-worker-0

    预期输出：

    WORLD_SIZE: 3, CURRENT_RANK: 1
args: Namespace(backend='nccl', batch_size=64, data='/mnist_data/pytorch_data/', dir='/mnist_data/pytorch_data/logs', epochs=10, log_interval=10, lr=0.01, momentum=0.5, no_cuda=False, save_model=False, seed=1, test_batch_size=1000)
Using CUDA
...
Train Epoch: 10 [57600/60000 (96%)] loss=0.0026
Train Epoch: 10 [58240/60000 (97%)] loss=0.0101
Train Epoch: 10 [58880/60000 (98%)] loss=0.0106
Train Epoch: 10 [59520/60000 (99%)] loss=0.0051

accuracy=0.9904

    您还可以通过命令arena logs $job_name -f实时查看作业的日志输出，通过命令arena logs $job_name -t N查看尾部N行的日志，以及通过arena logs --help查询更多参数使用情况。

    查看尾部N行的日志示例代码如下。

    arena logs pytorch-dist -t 5

    预期输出：

    Train Epoch: 10 [58880/60000 (98%)] loss=0.0106
Train Epoch: 10 [59520/60000 (99%)] loss=0.0051

accuracy=0.9904

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