本文以运行水分子算例介绍如何快速创建作业。
前提条件
已在集群中创建用户,具体操作,请参见创建用户。
操作步骤
登录弹性高性能计算控制台。
在顶部菜单栏左上角处,选择地域。
在集群页面,找到gromacs-test集群,单击远程连接。
在远程连接页面,输入gmx.test的用户名、密码和节点端口,单击ssh连接。
下载并解压算例。
说明本算例为模拟大量水分子在给定空间、温度内的运动过程。
cd /home/gmx.test; wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/water_GMX50_bare.tar.gz; tar xzvf water_GMX50_bare.tar.gz; chown -R gmx.test water-cut1.0_GMX50_bare; chgrp -R users water-cut1.0_GMX50_bare
在集群页面,找到gromacs-test集群,单击
。在作业页面,单击提交作业。
在提交作业区域,将作业提交模板设置为pbs demo。
完成作业相关配置,单击提交作业。
说明本示例使用名为gmx.test的用户提交作业,在一个包含8 vCPU和1块P100 GPU卡的计算节点compute000上运行。在实际使用场景中您可根据集群配置情况做出适当修改。
#!/bin/sh #PBS -j oe #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4 #PBS -q workq export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/ #module命令依赖的环境变量 module load gromacs-gpu/2018.1 module load openmpi/3.0.0 module load cuda-toolkit/9.0 export OMP_NUM_THREADS=1 cd /home/gmx.test/water-cut1.0_GMX50_bare/0096 /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr #前处理过程,生成tpr格式输入文件 mpirun -np 4 /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -nsteps 100000 -pin on -s topol_pme.tpr #-ntomp指定每个进程开启的OpenMP线程数,-nsteps指定模拟迭代步数
执行结果
创建作业完成后,在作业列表页即可查看已提交的作业。
单击该作业操作列的详情。在弹出的作业信息面板页,即可查看作业的详细信息,包括作业名称、作业ID、开始时间、最后更新时间、作业运行信息等。
后续步骤
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