RDS实例和本地数据库的表结构相同，但是索引不同，可以使用数据订阅功能进行实时同步吗？

可以，如果数据订阅只订阅数据变更，那么两边索引不同不会影响。但是如果订阅了结构变更，而且RDS上涉及到索引变更的话，可能会由于两边索引不同，导致结构变更在本地消费失败。